Вы правы: нистагм у них от стресса (в вашем случае - почти наверняка) и это пройдёт. Не беспокойтесь об этом пока, просто налаживайте отношения с котёнктом.
(Помнится, недавно в ветклинике врач меня пыталась убедить, что дрожание глаз  у принесённого нами дикарёнка - 100% признак панлейкопении  

  Ну просто мало она видела диких котят  

  )
(Вообще-то у нистагма может быть много разных нехороших причин, но скорее всего это не ваш вариант).